1987年3月，经国务院批准，决定开展我国水下考古事业。由国家文物局牵头，成立了有交通部、国家科委、国家海洋局、总参、海军、外交部等单位参加的“国家水下考古协调小组”，委托原中国历史博物馆(现国家博物馆)承担了这项国家任务，为此设立了中国最早的水下考古专业机构——水下考古学研究中心。在国家文物局领导下，负责全国的水下考古的业务工作，组织实施水下考古调查发掘项目。

我国拥有300多万平方公里的海洋国土和众多的江河湖泊，水下埋藏的文物非常丰富。水下考古工作是我国文物工作中国家支持的重点项目。二十年来，根据国家文物局的工作安排，既开展了沿海水下文物调查等基础性工作，又在祖国的四大海域—渤海、黄海、东海、南海及长江流域先后进行了一系列具有抢救保护性质的水下沉船遗址及其他水下文物遗迹的调查、发掘工作。具代表性的调查与发掘有：辽宁绥中三道岗元代沉船、山东胶南鸭岛明代沉船、浙江渔山小白礁青岛沉船、福建连江定海白礁一号沉船、平潭碗礁一号清代沉船、大练岛一号元代沉船、东山冬古湾明末战船、广东台山南海一号沉船、海南文昌宝陵港清初沉船、西沙群岛华光礁一号南宋沉船等遗址，以及四川涪陵白鹤梁水下题刻调查、广东新会银洲湖海战遗迹调查、香港竹篙湾水下文物调查、西沙群岛水下考古调查、全国水下文物普查，并承担了为期三年的中肯合作拉姆群岛海域水下考古调查项目。

通过以上工作不仅有效的保护了水下文物不被进一步破坏，较详细了解水下文物的分布和埋藏情况，而且为海上丝绸之路、海外交通史、海外贸易史、造船史古陶瓷史的研究提供了大量的实物资料，为我国水下文物的保护和工作长远规划的制定提供了科学的依据。目前我国的水下考古研究工作在亚洲地区处于领先地位并不断缩小与国际先进水平的差距。我国的水下考古事业已由发展初期阶段进入可持续发展阶段。

在国家财政的大力支持下，经国家文物局批准，建立了中国国家博物馆水下考古科研与培训基地（阳江基地）、水下考古宁波基地、水下考古青岛基地、水下考古舟山工作站，为我中心长期开展各相关海域调查、发掘工作提供了有力的支持。